有分析人士认为，小产权房主要存在以下几个方面的风险：一、小产权房不具有房屋、转让、处分、等权利，且不能办理房屋产权过户手续，诉讼风险难以规避。二、如果遇到国家征地或拆迁，购房人的利益将很难保证。广东某律师事务所徐平律师认为，小产权房的产权证只能办给村民，即便征地拆迁，也是村民能获补偿。买卖时的律师见证只能证明签字属实，但在法律上并没有任何意义。
至于目前市场有传言，说今后小产权房有可能转红本，有认为，有几个障碍导致这方面很难实现，个障碍是从地权到产权的确认程序复杂，第二个是由于目前只有一本房产证，今后很难再进行产权分割。第三，即使退一万步，如果真的给这些小产权房一户一本房产证，这些业主还是要补地价以及房款，否则很难向普通民众交代。 关于小产权房，去年建设部已表示，小产权房不符合法律规定，不受法律保护，即不能办理土地使用证、房产证、契税证等合法手续。
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